Hallo Tantalus!
Das hab ich grad hinter mir. ;-)
Also ich habe Win98 SE(c

und XP(d

installiert.
Ich habe zuerst die Boot.ini gesichert. Dann per Startdiskette gestartet und ganz normal format c: gemacht, danach Win98 normal raufgespielt. Dann XP CD einlegen und Neuinstallation wählen. Dann fängt XP an ein paar Daten zuspeichern und will neustarten. Ich hatte dann schon wieder das Bootmenü!
Ich habe im Bootmenü dann nich die XP Setup weitergemacht, sondern 98 wieder gestartet und dort meine gesicherte Boot.ini wieder auf c: kopiert und die vorhandene überschrieben. Nach einem Neustart stand auch wieder meine normale XP Installation da und ich kann bis jetzt ganz normal booten, hat sich ja auch nichts geändert.
Also entweder du probierst es mal so oder du machst es wie in der FAQ beschrieben.
http://faq.winhelpline.info/index.php?shownews=30