Playstation 3: Mit vereinten Kräften zum Supercomputer

[Lemmi]

Sony hat zusammen mit US-Biologen ein Projekt gestartet, um mit Hilfe der Playstation 3 (PS3) schnellere Fortschritte bei der Erforschung des Faltvorgangs von Proteinen zu machen. Dadurch werden sich Erkenntnisse über Krankheiten wie Alzheimer oder Parkinson erhofft. Bei dem Distributed-Computing-Projekt (verteiltes Rechnen) namens folding@home (FAH) soll ungenutzte Rechenleistung der im Herbst erwarteten PS3 dazu verwendet werden, den Faltvorgang von Proteinen zu simulieren. Mit der geballten Kraft von über zehntausend Playstations erwarten die Forscher eine Leistung von tausend Billionen Berechnungen pro Sekunde. Das entspricht fast der vierfachen Geschwindigkeit des BlueGene/L Systems von IBM, dem weltweit schnellsten Supercomputer, der 280,6 Billionen Berechnungen pro Sekunde durchführen kann.

Verteiltes Rechnen ist eine Methode, die angewendet wird um komplexe Probleme zu bearbeiten, mit denen selbst die stärksten Computer alleine überfordert wären. Um teilzunehmen, laden sich Freiwillige eine Software auf ihren PC, oder bald auch auf ihre PS3, die zu arbeiten beginnt, sobald der Benutzer den Rechner nicht verwendet. Die einzelnen Ergebnisse werden dann über Internet zu einem Zentralcomputer geschickt, wo sie gemeinsam betrachtet werden können. Sony hat bereits die benötigte Software präsentiert.

Die beteiligten Wissenschaftler hoffen, dass die Nutzung der PS3 ihrer Forschung ein neues Feld an Möglichkeiten eröffnet. Die neue Playstation hat einen leistungsstarken Prozessor, genannt "cell", der bis zu zehn Mal schneller als ein herkömmlicher PC-Chip läuft. Außerdem macht sich das Forschungsprojekt den Grafikchip der PS3 zu Nutze, der eigentlich für hochentwickelte Computerspielgrafik sorgen soll. Dadurch soll den Teilnehmern und den Wissenschaftlern ermöglicht werden, das Protein in Echtzeit beim Faltvorgang zu beobachten.

Der Faltvorgang von Proteinen wird in Zusammenhang mit den verschiedensten Krankheiten gebracht, da er fast allen biologischen Prozessen zugrunde liegt. Wenn dabei Fehler passieren, entstehen Krankheiten wie beispielsweise Alzheimer oder Krebs. Um dieses Phänomen besser zu verstehen, soll beim FAH-Projekt der komplexe Faltprozess eines Proteins simuliert werden. Im Körper dauert dieser nur zehn Millionstel einer Sekunde, bei einer Simulation bräuchte ein durchschnittlicher PC jedoch einen ganzen Tag, allein um ein Milliardstel einer Sekunde zu simulieren. Die Simulation des gesamten Prozesses würde 10.000 Tage in Anspruch nehmen. ( pte)