Hi nierewa - Willkommen im Forum
Die SP3 Installation hat grundsätzl. keinen Einfluss auf deine privaten Einstellungen, Programme + Daten sowie deren Berechtigungen und ändert -soweit mir bekannt- auch nix am bestehenden Dateisystem.
Wenn da jetzt Dateien fehlen sollten (z.B. weil querverbunden) dann ist die Fehlerfreiheit nicht gegeben. In diesem Fall empfiehlt sich eine Reparatur (
info), die am Besten/Einfachsten gleich von einer XP SP3 CD erfolgt (z.B. mit
XPslipper erstellbar).
Solltest Du das nicht wollen (z.B. weil SP3 derart repariert nicht mehr entfernbar ist) würde ich das SP3 erstmal wieder entfernen.
Ich kann mir aber kaum vorstellen, das dies Auswirkungen auf die Berechtigungen von durch Windows ungenutze Verzeichnissse haben wird
(ggf. mal testweise einen 2. Benutzer mit Admin-Rechten erstellen und als dieser angemeldet probieren)
Wurde checkdisk (und ggf. dessen Korrekturen) denn auf allen Laufwerken ausgeführt ?
Wie verhält sich die Datenträgerüberprüfung jetzt ? - D + E gelten als fehlerfrei?
Hast Du möglicherweise zeitnahe Fehler in der Ereignisanzeige ?
(Start - Ausführen: eventvwr.msc)