Zur weiteren Verbesserung der Interoperabilität hat Microsoft einen neuen JDBC (Java Database Connectivity)-Treiber entwickelt und bereitgestellt. Der JDBC-Treiber, Version 3.0, für SQL Server kann von allen SQL Server-Benutzern ohne Zusatzkosten heruntergeladen werden. Mit seiner Hilfe kann von jeder Java-Anwendung, jedem Anwendungsserver und jedem Java-fähigen Applet aus auf SQL Server 2008 R2, SQL Server 2008, SQL Server 2005 und SQL Server 2000 zugegriffen werden. Dies ist ein JDBC-Treiber vom Typ 4, der Datenbankverbindungen über die standardmäßigen JDBC-Anwendungsprogrammierschnittstellen (Application Programming Interface, API) in Java Platform, Enterprise Edition 5 und höher, zur Verfügung stellt.

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