Demnächst wird Microsoft eine aktualisierte Version des BizTalk Server anbieten. BizTalk Server 2006 R2 unterstützt nativ EDI (Electronic Data Interchange) und AS2 sowie neue Services zur Entwicklung und Verwaltung von RFID-Lösungen. Er wird in der ersten Hälfte des Jahres 2007 zur Verfügung stehen, frühe Testversionen gibt es für Teilnehmer am Technology Adoption Program (TAP).

BizTalk Server 2006 R2 wird Plattform-Technologien wie 2007 Microsoft Office System und Windows Vista gezielt unterstützen. Dazu gehören auch WinFX-Technologien wie Windows Workflow Foundation und Windows Communication Foundation. Zusätzlich bietet die neue Version der BPM-Lösung (Business Process Management) ein Adapter-Framework für Windows Communication Foundation, damit Kunden eigene Adapter für die bessere Interoperabilität von Anwendungen entwickeln können.

Mit den neuen Funktionen können Kunden die Reichweite ihrer Geschäftsprozesse erhöhen, um Geschäftspartner schneller und einfacher in ihre Abläufe zu integrieren, insbesondere bei der Lieferkette und im Einzelhandel. So ermöglicht der native Support von EDI und AS2 die effiziente Verbindung der Supply Chain mit Lieferanten und Handelspartnern. BizTalk Server R2 bietet auch native Unterstützung für Messaging-Protokolle wie EDIFACT und X12 sowie für das Protokoll zur sicheren Kommunikation EDIINT AS2. Die Integration von BizTalk RFID reduziert die Komplexität der Verwaltung intelligenter RFID-Hardware durch die Verbindung von Messvorgängen mit den entsprechenden Supply-Chain-Prozessen sowie Back-End-Geschäftsanwendungen in Echtzeit.