Weiss nicht ob ich dir hiermit weiterhelfen kann, aber so würde ich es machen: AGP Grafikkarten an einem anderen PC austesten, bzw ob die 3D funktionalität dort besteht. Wenn nicht, liegt es deutlich an den grafikkarten (was unwarschinelich ist da beide nicht gehen).
Ansonsten würde ich einfach mal die BIOS einstellungen überprüfen, Windows frisch draufspielen (d.h. C partition formatieren...vorher natürlich datensicherung), das neuste DirectX, die neusten Treiber von Gigabyte, und die neusten ATI Treiber draufspielen. Wenn dein System dann noch rumzickt würde ich auf das mainboard tippen.
Hatte auch schonmal ein ähnliches problem mit ein gigabyte mainboard. Es hatte nur 4X AGP unterstützt und eine 8X Radeon 9200SE wollte nicht drauf laufen. Selbst nach manueller umstellung (per software) der grafikkarte auf 4X wollte das system nicht laufen.. Am ende wurde das mainboard ersetzt und danach lief alles super.
Sonst könntest du dich noch an den Gigabyte support wenden (wenn die grakarten am anderen rechner funktionieren...das solltest du den gigabyte support auch nennen)...allerdings muss man bei gigabyte meistens lange auf eine antwort warten.
Der neuste GraKa-Treiber muss nicht immer für alle Games der Beste sein. Daher mal mit dem DriverCleaner die ATI Treiber runterhauen und eine ältere Version od. vielleicht gar Alternativtreiber (z.b. Omega) installieren und versuchen.
In 99% liegt das Problem am Treiber.
Ebenfalls mal DirectX 9.0c runterschmeissen DirctX-Uninstaller und neu installieren.
Manchmal hilft auch die Monitorauflösung, bzw. -Frequenz zu reduzieren.