ad Punkt 1.
Ich installiere immer Win98 zuerst ( wenn ich es überhaupt installiere) und dann W2k aus W98 heraus, dann steht's immer im bootmenu.
ad Punkt 2.
Warum installierst Du 2 Win98? es reicht doch eines, oder nicht? Wenn Du es trotzdem brauchst, kannst Du es ja in der boot.ini nachtragen, siehe:
http://www.winhelpline.com/daten/index.php?shownews=48
mfg
joe